Eigentlich hätte mal wieder alles so einfach sein können. Nach dem Upgrade von Owncloud auf die Version 6.0.0.16 konnte sich nur noch mein Admin-User einloggen. Allerdings fehlten alle Kontakte und Kalendereinträge. In der Datenbank war kein Fehler ersichtlich. Sämtliche Kontakte und Termine existierten noch. Auch die anderen Anwender, die sich nicht mehr einloggen konnten, waren in der Datenbank noch vorhanden. Die Lösung brachte die Prüfung der config.php im Owncloud-Ordner. Dort war statt der MySql-Datenbank plötzlich eine SQLite-Datenbank eingetragen. Nach Rücksicherung der config.php aus einem Backup (und Anpassung der Versionsnummer) hat dann alles wieder wie gewohnt funktioniert.